Caravaggio dipinse la Flagellazione di Cristo oggi al Museo di Capodimonte in un momento molto particolare. Infatti, verso la fine del 1606 Caravaggio, al secolo Michelangelo Merisi (1571-1610), giunge a Napoli da fuggitivo essendosi a Roma macchiato di omicidio e procurato, così, la condanna alla decapitazione. Qui rimane per circa un anno in un momento artisticamente assai fecondo.